As doenças autoimunes ocorrem quando o sistema imunológico produz anticorpos que atacam estruturas do próprio organismo devido à sua perda de capacidade de distinguir proteínas próprias e antígenos. Alguns dos exemplos de doenças autoimunes são: psoríase, lúpus, artrite reumatoide, doença celíaca, tireoidite de Hashimoto e esclerose múltipla.
Dentre os gatilhos e fatores agravadores de doenças autoimunes estão algumas questões nutricionais como uma alimentação inflamatória, com alto índice glicêmico, sensibilidades alimentares, alteração na permeabilidade intestinal, maior contato ou menor desintoxicação de metais pesados. Dessa forma, o acompanhamento nutricional baseado na nutrição funcional age investigando e melhorando esses fatores, contribuindo para o controle da doença autoimune.